Bonat assume as funções da 13ª Federal, na quinta-feira, 5 de maio de 2019. Magistrado ficará responsável por supervisionar todos os inquéritos da Lava Jato no Paraná e também julgar as ações penais ligadas à operação, entre elas, uma em que o ex-presidente Luiz Inácio Lula da Silva é réu, relacionada à sede do Instituto Lula, em São Paulo. 

Com 25 anos de carreira, Bonat é o juiz federal com maior tempo de carreira em toda a jurisdição do TRF4, que lançou o edital para o preenchimento da vaga deixada por Moro. Como a antiguidade é o principal critério de seleção, o nome dele já tinha sido definido no concurso interno de promoção antes da confirmação pelo conselho do TRF4.

Durante o processo de substituição de Moro, a 13ª Vara Federal foi comandada pela juíza substituta Gabriela Hardt, que condenou o ex-presidente Luiz Inácio Lula da Silva a 12 anos e 11 meses de prisão na ação penal sobre as reformas realizadas no Sítio Santa Bárbara, em Atibaia (SP). A sentença foi a segunda proferida contra o ex-presidente na Operação Lava Jato.